书PMBOK第六版P81：项目章程中包含项目目的、可测量的项目目标和相关成功标准、各类高层级的信息，项目章程的批准意味着组织明确项目的目标是符合组织战略的，从而确保两者的一致性。
在这种情况下，项目经理需要确保项目与公司的战略目标和愿景保持一致。公司正在经历组织变更和重组，这意味着公司的使命、愿景和价值观可能会发生变化。因此，项目经理需要确保项目在这些变化过程中仍然符合公司的整体方向。
选项D：“按照该公司的使命、愿景、价值观分析该项目。”是最合适的选择。通过分析项目与公司的使命、愿景和价值观之间的关系，项目经理可以确保项目的目标与公司的战略保持一致。这种分析有助于识别项目可能需要调整的地方，以适应公司的新方向。
其他选项的分析：
- 选项A：“获得项目章程的批准。”虽然项目章程的批准是项目启动的重要步骤，但在公司的战略目标可能变化的情况下，仅仅获得项目章程的批准并不足以确保项目与公司的新目标保持一致。
- 选项B：“在项目启动大会上达成协议。”虽然在启动大会上达成协议是重要的，但这通常涉及项目团队和主要利益相关者之间的共识，而不是直接与公司的战略目标对齐。
- 选项C：“按照商业论证进行差距分析。”这可能有助于识别项目在实现商业目标方面的差距，但在组织变更和重组的背景下，商业论证可能需要更新以反映新的战略方向。
综上所述，选项D是最能确保项目与公司新的战略目标和方向保持一致的做法。
