相关方识别不完整，需要重新核实相关方登记册。

在这种情况下，项目经理发现项目文件中缺少一些相关方。项目经理的下一步应该是确保所有相关方都被识别和记录，以便有效地管理他们的期望和影响。因此，正确的答案是：

D: 审查并核实相关方登记册

专业分析：

1. **识别和记录相关方**：项目的成功很大程度上依赖于识别和管理所有相关方的需求和期望。未识别的相关方可能会在项目的后期阶段引入风险或导致项目偏离目标。

2. **相关方登记册**：这是一个记录所有相关方及其需求、影响、期望和参与程度的关键文档。审查和更新相关方登记册是确保所有相关方都被适当识别和管理的重要步骤。

3. **其他选项分析**：
- A: 更新项目章程通常是在项目启动阶段进行的，主要涉及项目的高层次信息和批准。它不是识别和记录相关方的直接步骤。
- B: 制定新的沟通管理计划是在识别所有相关方之后的步骤。沟通管理计划依赖于准确的相关方信息。
- C: 将问题上报给项目发起人可能是必要的，但首先应尝试通过审查和更新相关方登记册来解决问题。

因此，项目经理应该首先审查并核实相关方登记册，以确保所有相关方都被识别和记录。