已经花费的成本无法判断其中是否只有直接成本或者间接成本，但已经花费的一定是沉没成本。

在这个问题中，我们需要分析项目已经花费的100万美元的性质。题目要求项目经理停止项目，意味着这些已经花费的钱不再会被收回，因此它们被视为沉没成本。然而，问题要求不考虑沉没成本的影响，而是要确定这些花费的实际性质。

A: 项目的直接成本 - 直接成本通常是指直接用于项目执行的费用，如材料费、人工费等。如果这100万美元是直接用于项目完成的相关支出，那么它可能属于直接成本。

B: 项目应急储备的一部分 - 应急储备是用于应对项目不确定性和风险的资金。如果这100万美元是从应急储备中提取的，用于解决项目中的问题，那么这可以是正确答案。

C: 项目的间接成本 - 间接成本是指不能直接归属于特定项目活动的费用，如管理费用、租金等。如果这100万美元主要用于支持项目的间接活动，那么它可能属于间接成本。

在没有更多具体信息的情况下，最合理的假设是这100万美元是项目执行过程中直接花费的资金，因此最可能的答案是：

A: 项目的直接成本

专业分析：在项目管理中，直接成本是项目执行过程中最容易识别和分配的成本，因为它们直接与项目活动相关联。间接成本和应急储备的使用通常需要更详细的项目财务记录来确认其性质。因此，在信息不充分的情况下，直接成本是最合理的推论。