P479，独立成本估算。甲方自己估算或者请外部的估算师估算，作为比较的依据。独立估算是实施采购的输入。

在这种情况下，为了完成采购过程，项目经理应该选择选项 D: 要求供应商协商价格,否则面临落选的风险。

专业分析如下：

1. **成本控制**：项目团队已经发现供应商提出的成本超出项目指导方针，因此，直接要求项目发起人提供额外资金（选项 A）可能不是最佳选择，因为这可能会影响项目的预算控制和整体财务规划。

2. **外部顾问评估（选项 B）**：引入第三方顾问进行评估可能会增加额外的成本和时间，并且不一定能够解决供应商报价过高的问题。

3. **自制或外购分析（选项 C）**：虽然进行自制或外购分析可以帮助评估最佳方案，但这在当前阶段可能会导致项目延迟，因为这意味着需要重新评估整个采购策略，而不是解决当前供应商报价的问题。

4. **价格协商（选项 D）**：通过与供应商协商价格，项目经理可以直接应对成本超出的问题。这种方式不仅可以在不增加项目预算的情况下降低成本，还可以测试供应商的灵活性和合作意愿。如果供应商愿意降低价格以符合项目预算，这将是一个双赢的结果。

因此，要求供应商协商价格是一个直接而有效的策略，可以在不影响项目进度的情况下解决成本超标的问题。