关键词，主要问题，帕累托，没有帕累托则用直方图。

在这种情况下，项目经理需要找出缺陷的根本原因，以便采取有效的纠正措施。因果图（也称为鱼骨图或石川图）是一种用于识别问题根本原因的工具。因此，选项A: 因果图 是最合适的选择。

**分析：**

- **因果图（鱼骨图）：** 这种工具有助于系统地分析问题的潜在原因，并将其可视化。通过使用因果图，项目经理可以识别出可能导致缺陷的不同因素，并找出最可能的根本原因，从而采取有针对性的措施进行改进。

- **亲和图：** 主要用于组织和分类信息，帮助识别主题和模式，但不专注于识别根本原因。

- **散点图：** 用于分析两个变量之间的关系，适合用于统计分析，但不直接用于根本原因分析。

- **直方图：** 用于展示数据分布情况，帮助识别数据集中趋势或偏差，但不用于分析根本原因。

综上所述，因果图是最适合用于识别和解决项目中缺陷的根本原因的工具。因此，正确答案是A: 因果图。