WBS中有，但是预算中没有，显然估算成本的时候没有注意WBS。

在这个场景中，一个项目团队成员请求采购一项在工作分解结构（WBS）中列出的项目，但项目经理发现该项目并未在项目预算中列出。这表明在估算成本的过程中可能存在问题。让我们分析每个选项：

A: 估算成本过程中没有将范围基准作为输入
范围基准包括项目范围说明书、WBS和WBS字典，是估算成本的重要依据。如果范围基准没有被用作输入，可能导致遗漏项目或范围变化没有被反映在成本估算中。因此，这是一个可能的原因。

B: 估算成本过程中没有使用专家判断
专家判断是估算成本的一种技术，依赖于有经验的专业人士的意见和知识。然而，即使没有使用专家判断，项目的成本估算仍然可以通过其他方法完成，所以这不太可能是主要原因。

C: 估算成本过程中未使用规划采购
规划采购是确定项目采购需求的过程。如果在估算成本时没有考虑到采购需求，可能会导致遗漏采购相关的成本。然而，通常采购需求应该在范围基准中有所体现，所以这可能是一个次要原因。

D: 估算成本过程中使用了自下而上的估算方法
自下而上的估算方法是通过详细估算较低层级的工作包或活动，然后汇总得到总成本。这种方法通常比较详细和准确，因此不太可能导致遗漏项目。

综合分析，选项 A 是最有可能的原因，因为如果在估算成本过程中没有将范围基准作为输入，可能导致项目预算中遗漏了WBS中列出的项目。因此，正确答案是 A。