当前项目实施到一半时失去了三个关键资源，可能会影响到进度、成本等其他制约因素，所以先审查目标绩效与实际绩效之间的偏差，通过综合分析了解总体偏差情况，以便采取合适的预防或纠正措施。偏差分析也是控制范围、控制进度、控制成本等监控过程的工具，选项A,B,C是可能的措施，但需要先分析后再确定具体措施。

在这个场景中，项目已经完成了50%，并且进度绩效指数（SPI）为1.051，成本绩效指数（CPI）为1.02，这意味着项目在进度和成本方面都表现良好。然而，由于资源的重新分配，项目失去了三个关键资源。管理层仍然要求项目按时完成且不增加预算，并且没有额外的资源补给。因此，项目经理需要在有限的资源和时间内完成项目。

下面是对每个选项的分析：

A: 执行资源平衡
资源平衡是通过调整项目计划来应对资源限制的一种方法，通常通过延长项目工期来解决资源短缺问题。在这个情况下，项目经理被要求按时完成项目，因此延长工期并不是一个可行的选项。

B: 赶工
赶工是增加额外资源以缩短项目工期的方法，但在这个场景中，项目经理没有额外的资源可以使用，因此赶工不适用。

C: 变更项目基准
变更项目基准涉及重新定义项目的范围、时间表或成本基准。这通常需要得到相关方的批准，并且可能不符合管理层要求按时且按预算完成项目的指示。

D: 实施偏差分析
偏差分析是识别和分析项目偏差的过程。通过实施偏差分析，项目经理可以确定项目进度和成本的偏差来源，并采取纠正措施来最大化现有资源的使用效率。这可能包括重新分配现有资源、优化工作流程或重新安排任务优先级，以确保项目在没有额外资源的情况下按时完成。

综上所述，选项D: 实施偏差分析是最合适的选择，因为它可以帮助项目经理在资源受限的情况下找出问题并采取措施来确保项目按时完成。