发生未知风险，而风险发生成为一个问题，所以要更新问题日志。选项A错误是因为未知风险不会记录在风险登记册中，因此不会更新风险登记册。选项B和选项C或许是问题解决措施中有可能需要更新的，但不是首先更新的那一项。

在这种情况下，生产设施因自然灾害停工一星期，这属于已经发生的事件，而不是潜在的风险。因此，项目经理应该首先更新的是D: 问题日志。

专业分析：

- **风险登记册 (A)**: 风险登记册用于记录和管理项目中的潜在风险。虽然自然灾害是一种风险，但在这种情况下，灾害已经发生，因此需要处理的是一个实际的问题，而不是潜在风险。

- **项目管理计划 (B)**: 项目管理计划是一个全面的文件，包含项目执行、监控和控制的各个方面的计划。虽然生产停工可能会影响项目计划，但首先需要记录和分析这个问题，然后才能确定对项目管理计划的具体影响和必要的调整。

- **工作分解结构 (WBS) (C)**: WBS 是项目范围的层次结构分解，主要用于明确项目的交付物和工作包。自然灾害导致的停工不会直接影响到WBS的结构，因此不需要首先更新。

- **问题日志 (D)**: 问题日志用于记录和管理项目中已经发生的问题。由于生产设施停工是一个已经发生的实际问题，项目经理应首先将其记录在问题日志中，以便跟踪、管理和解决这个问题。

因此，正确的答案是D: 问题日志。