既然过去相关方对项目目标存在偏差，那么这次就不应再犯错，选项D就是让相关方达成共识，不要出现理解上的偏差影响后续。选项A错在CCB不是那么随意地组建；选项B错在如果事先理解不同，那么即使验收时候包含了所有相关方，仍然会因为没有共识而会产生不同的验收结果；选项C错在现在是对目标出现理解偏差，不是需求收集不足，而且并不是所有的相关方的所有需求都会纳入范围。

在为新项目制定项目章程时，项目经理需要确保相关方的参与度和对项目目标的理解，以避免出现偏差问题。根据题目中的选项：

A: 允许任何相关方在项目的任何时间加入变更控制委员会(CCB)。
- 这个选项可能导致过多的变更请求和决策延迟，因为相关方在任何时间都可以加入，可能会影响项目的稳定性。

B: 将所有项目相关方包含进验收可交付成果的责任分配矩阵（RAM）中。
- 虽然责任分配矩阵有助于明确各方的责任，但仅仅将相关方包含在RAM中并不能确保他们对项目目标的理解和参与度。

C: 收集每位相关方提供的需求,将其包含进工作分解结构中(WBS)中。
- 收集需求并将其纳入WBS有助于确保项目范围的完整性，但这并不能直接解决相关方参与度和目标偏差的问题。

D: 在所有相关方中建立起有关批准项目章程中所示关键可交付成果的共识。
- 这个选项直接针对了相关方的参与度和对项目目标的理解问题。通过在项目早期阶段建立共识，项目经理可以确保所有相关方对项目目标和关键可交付成果有一致的理解和期望，从而减少偏差和提高参与度。

因此，正确答案是D: 在所有相关方中建立起有关批准项目章程中所示关键可交付成果的共识。这将有助于确保相关方的积极参与和对项目目标的统一理解。