在删掉需求情况下，反而成本超出，表明一定有未识别的工作。由于没有制订WBS，无法层级展现项目的全部范围，无法很好地定义范围，所以造成了题干描述的场景，所以B是正确的。选项A和C错在只是工具而已，不使用这个工具不代表就一定会导致后果；选项D不知所谓。

正确答案是：B:未识别的工作没有列入预算。

专业分析：

在项目管理中，工作分解结构（WBS）是一个关键工具，用于识别和定义项目的全部工作范围。通过WBS，可以确保所有必要的工作都被识别和包含在项目计划和预算中。

在这个案例中，项目经理绕过了制订WBS的过程，并且根据自己的经验删掉了客户合同中的一项需求。这可能导致一些工作未被识别和列入预算，因为没有经过系统的分析和分解。这种情况下，项目可能会遇到未计划的工作，导致人工成本超出预算。

选项A和C涉及估算技术的应用，但题目中并未提到具体的估算方法问题。选项D提到“有缺陷的缩减”，这通常涉及范围管理中的范围缩减问题，但在此情境中，更直接的原因是未识别的工作没有被列入预算。因此，B是最符合题意的答案。