不能简单的看比较这种故障的成本，还需要综合考虑所有非一致性成本。

在这个情境下，项目经理刚刚加入一个需要在两年内更换现有T系统的项目。项目经理的首要任务应该是理解项目的背景、需求和预期效益，以便为后续的项目规划和执行奠定基础。

让我们分析每个选项：

A: 与相关方一起执行效益分析
效益分析是评估项目将带来的好处和价值的过程。虽然这是一个重要的步骤，但在项目初期，项目经理需要首先明确项目的商业需求和目标，然后再详细分析其效益。

B: 确定商业需求和预期效益
在项目启动阶段，确定商业需求和预期效益是至关重要的。这有助于项目经理理解项目的目的、目标以及成功的标准。只有在明确这些要素后，项目经理才能有效地进行规划和管理。

C: 根据与相关方的讨论执行单项评估
单项评估通常是针对特定项目方案或变更的详细分析。在项目初期，项目经理需要更广泛地理解项目需求，而不是立即进行具体的评估。

D: 制定项目管理计划
制定项目管理计划是项目启动后的一项重要任务。然而，在制定计划之前，项目经理需要对项目的需求和目标有清晰的理解。

综上所述，正确答案是B: 确定商业需求和预期效益。这一步将帮助项目经理建立项目的基础，为后续的规划和执行提供必要的信息。