不能更新项目章程，不要修改范围管理计划，这两个项目都不正确，如果确实有问题，才需要提交变更请求，目前原因不明，D比较好，先核实范围，看可交付成果是否符合验收标准。

在这种情况下，项目经理面临的是一个道德和专业责任的问题。让我们分析每个选项：

A: 根据开发人员的意见准备验收文件
- 选择这个选项意味着项目经理同意忽略未完成的功能，并准备验收文件。这种做法可能会导致客户对项目的期望和实际交付之间产生落差。如果客户发现功能缺失，可能会损害公司信誉和客户关系。

B: 在准备验收文件之前包含这些功能
- 这个选项涉及在准备验收文件之前完成功能。这可能是理想的解决方案，但需要评估时间和资源是否允许。延迟可能影响项目的交付时间和公司的现金流。

C: 审查需求管理计划
- 审查需求管理计划可以帮助项目经理重新评估项目需求和优先级，确保所有必要功能的完整性。如果计划中有遗漏或错误，可以通过这种方式进行纠正。然而，这个选项本身并不能直接解决当前的功能缺失问题。

D: 提交变更请求
- 提交变更请求可以正式记录当前项目状态，并请求对项目范围、时间表或预算进行调整。这是一个透明的过程，可以让所有相关方知晓项目的真实情况，并就如何继续进行达成一致。

综合以上分析，最合适的选项是D: 提交变更请求。这一选择确保项目经理以透明和专业的方式处理问题，维护公司与客户之间的信任关系，同时为项目的后续调整和资源分配提供依据。