免费软件用作商业用途带来风险，需要通知相关方，并评估风险，另外及时购买。

在这种情况下，项目经理应该选择选项 A：与该主题专家定期审查目标和需求，并使用其他资源，审查提交的估算。

专业分析：

1. **协作与沟通**：选项 A 强调与主题专家的定期沟通和协作。这有助于确保项目目标和需求被准确理解，并减少误解的可能性。通过定期的审查，项目经理可以及时发现估算中的潜在问题，并进行纠正。

2. **多方验证**：利用其他资源来审查估算可以提供一个更全面的视角。这种方法可以通过引入不同的专业知识和经验来验证和挑战初步估算，从而提高估算的准确性。

3. **能力建设**：与主题专家合作，帮助他们提高估算的准确性，而不是简单地排除他们或忽视问题。这不仅有助于当前项目的成功，也有助于提高主题专家在未来项目中的贡献。

4. **风险管理**：选项 A 是一种积极的风险管理策略。通过定期审查和多方验证，项目经理可以更好地控制项目风险，而不是简单地增加估算或更换人员。

相比之下，选项 B 是一种简单化的处理方式，可能无法解决根本问题；选项 C 忽视了现有的问题，不利于项目的成功；选项 D 则可能导致失去一位在其他方面表现优秀的贡献者，并可能引入新的不确定性。因此，选项 A 是最合适和专业的选择。