业务重组，首先要进行商业论证，看看项目是否仍然符合组织的战略。

正确答案是：D: 与该组织合作制定支持变更和升级上报流程的计划。

专业分析：

1. **理解变更的重要性**：在项目管理中，变更是常见的，尤其是在大型系统实施项目中。变更可能会影响项目的范围、时间表和预算。因此，项目经理需要对变更进行有效管理，以确保项目的成功。

2. **审查合同和变更管理流程**：项目经理应首先审查现有合同和变更管理流程，以确保所有变更都得到正式记录和批准。选项A虽然涉及审查协议，但直接开具发票可能是不合适的，特别是在变更的范围和责任尚未明确的情况下。

3. **协作与沟通**：选项C提到与供应商合作提供指导，但这可能不足以全面处理变更。项目经理需要确保所有相关方（包括供应商和组织内部团队）对变更有清晰的理解，并在变更实施过程中保持良好的沟通。

4. **制定变更计划**：选项D强调与组织合作制定支持变更和升级上报流程的计划。这是项目经理应采取的最佳行动，因为它涉及到对变更的系统化管理。制定计划可以帮助明确变更的影响、责任分配、资源需求和时间表调整等关键因素。

5. **风险管理**：变更可能带来风险，因此项目经理应进行风险评估，并制定应对措施，以降低变更对项目的潜在负面影响。

综上所述，选项D是最全面和适合的处理方式，因为它强调了系统化和协作的变更管理方法，有助于确保项目在变更后的成功实施。