项目已经收尾，项目经理不在有资源处理后续工作，运营应该介入并参考相关的合同。

在这种情况下，项目经理需要识别质量缺陷的主要原因。对于这种需求，最合适的工具是石川图，也称为因果图或鱼骨图。因此，正确答案是C: 石川图。

**分析：**

- **石川图（因果图/鱼骨图）**：这是一个用于识别问题根本原因的工具。它帮助团队系统地列出所有可能的原因，并按类别组织，从而识别和分析问题的根本原因。因为在这个场景中有多个潜在原因，石川图是最合适的工具来帮助识别和分析主要原因。

- **散点图**：主要用于显示两组数据之间的关系或相关性。虽然可以帮助识别变量之间的相关性，但不直接用于识别问题的根本原因。

- **统计抽样**：用于从数据集中选择样本进行分析，以推断整个数据集的特征。它不用于识别问题的原因。

- **定性风险分析**：用于评估风险的可能性和影响，以确定其优先级。它不适用于识别质量缺陷的根本原因。

因此，石川图是最合适的工具来识别质量缺陷的主要原因。