妨碍按时完成，属于进度知识领域。

在这种情况下，项目经理应该首先采取的步骤是选项 B：与该主题专家一起审查项目管理计划以核实所有团队角色。

专业分析：

1. **沟通与理解**：首先，项目经理需要确保与主题专家之间的沟通是开放和有效的。通过一起审查项目管理计划，项目经理可以明确双方的期望和角色职责。这有助于澄清误解，并确保主题专家了解项目的目标和自己的角色。

2. **建立信任和合作**：直接与主题专家沟通而不是立即升级问题，可以建立信任和合作关系。这种方式展示了项目经理愿意倾听和理解专家的观点，而不是强制执行命令。

3. **解决潜在问题**：通过审查项目计划，项目经理可以发现可能导致主题专家不愿接受指令的潜在问题，例如角色职责不清、工作负荷不合理或缺乏必要的支持。

4. **避免不必要的冲突升级**：选择直接与主题专家沟通而不是立即通知其直线经理或项目发起人，可以避免可能导致关系紧张的冲突升级。

选择其他选项可能会导致不必要的紧张局势或误解。比如，直接与直线经理开会（选项 A）或要求替换主题专家（选项 C）可能会被视为对专家不信任，可能会损害团队士气和合作。而更新资源管理计划和风险登记册（选项 D）并不能直接解决当前的问题，反而可能会延误解决问题的时机。因此，首先与主题专家审查项目管理计划是最有效和专业的初步措施。