题干描述要识别“员工的休息时间”和“质控部门的输出”这两者之间的关联，针对2个因素的关联，可以定位到散点图。书PMBOK第六版P293:散点图是一种表示两个变量之间的关系的图形。所以选A。

正确答案是：A: Scatter diagram 散点图

专业分析：

散点图是一种用于识别两个变量之间关系的工具。在这个案例中，项目经理希望研究员工休息时间与质量控制部门输出之间的关联。通过使用散点图，项目经理可以将休息时间（一个变量）与质量控制输出（另一个变量）进行图形化展示，从而观察两者之间是否存在相关性或模式。

- **散点图（Scatter Diagram）**：适用于分析两个变量之间的关系。项目经理可以通过绘制员工休息时间与质量控制输出的散点图来观察是否存在趋势或相关性。

- **质量审计（Quality Audit）**：这是一个评估质量管理活动的工具，通常用于确保质量标准和流程的遵循，而不是用于分析变量之间的关系。

- **统计抽样（Statistical Sampling）**：用于从大量数据中选择样本进行分析，但不直接用于分析变量之间的关系。

- **直方图（Histogram）**：用于显示数据的分布情况，而不是直接用于分析两个变量之间的关系。

因此，散点图是最合适的工具，因为它能帮助项目经理可视化和分析员工休息时间对质量控制输出的潜在影响。