正确答案是：A: 数据库、数据库管理系统和用户。

专业分析：

数据库系统是一个复杂的系统，通常由以下几个主要部分组成：

1. **数据库**：这是数据存储的核心部分，包含了所有与应用相关的数据。数据库以某种结构化的方式存储数据，以便于高效的查询和管理。

2. **数据库管理系统（DBMS）**：这是用于管理数据库的软件系统。DBMS提供了数据定义语言（DDL）、数据操纵语言（DML）等工具来定义、创建、查询、更新和管理数据库。它负责数据的存储、检索、安全性、完整性和并发控制等功能。

3. **用户**：用户是指数据库的最终使用者，他们可以是数据库管理员（负责数据库的维护和管理）、开发人员（负责应用程序的开发）和终端用户（通过应用程序使用数据库）。

选项B、C、D都没有完整地涵盖数据库系统的所有组成部分。B选项提到的数据文件、命令文件和报表只是数据库系统的一部分功能或输出。C选项中的数据库文件结构和数据仅涉及数据存储的技术细节。D选项中的变量、常量和函数则是编程语言的基本元素，与数据库系统的组成不直接相关。因此，A是唯一全面且正确的答案。