正确答案是：D: SELECT City FROM Customer GROUP BY City HAVING COUNT(ID)>200

分析：

在 SQL 中，当我们需要对分组后的数据进行筛选时，应该使用 `HAVING` 子句，而不是 `WHERE` 子句。`WHERE` 子句用于在分组前筛选记录，而 `HAVING` 子句用于在分组后筛选记录。

让我们逐一分析选项：

A: SELECT City FROM Customer HAVING COUNT(ID)>200
- 这个选项是错误的，因为缺少 `GROUP BY` 子句。`HAVING` 子句必须与 `GROUP BY` 子句一起使用。

B: SELECT City FROM Customer WHERE COUNT(ID)>200 GROUP BY City
- 这个选项是错误的，因为 `WHERE` 子句不能用于聚合函数（如 `COUNT`）。`WHERE` 在分组之前应用，而聚合函数是在分组之后计算的。

C: SELECT City FROM Customer GROUP BY City WHERE COUNT(ID)>200
- 这个选项是错误的，因为 `WHERE` 子句不能位于 `GROUP BY` 之后，并且 `WHERE` 不能用于过滤聚合结果。

D: SELECT City FROM Customer GROUP BY City HAVING COUNT(ID)>200
- 这个选项是正确的。首先，它按照 `City` 对客户进行分组，然后使用 `HAVING` 子句过滤出客户数大于 200 的城市。

因此，选项 D 是唯一正确的选择。