要解决这个问题，我们需要理解 `np.amin` 函数的作用以及它在给定数组上的表现。

`np.amin(arr, axis=0)` 用于计算数组 `arr` 在指定轴上的最小值。在这个例子中，`axis=0` 表示沿着每一列计算最小值。

给定数组 `arr` 是：
```
[[3, 7, 5],
[8, 4, 3],
[2, 4, 9]]
```

沿着每一列计算最小值：

- 第一列：[3, 8, 2]，最小值是 2。
- 第二列：[7, 4, 4]，最小值是 4。
- 第三列：[5, 3, 9]，最小值是 3。

因此，`np.amin(arr, axis=0)` 的输出将是 `array([2, 4, 3])`。

所以，正确答案是 D: `array([2, 4, 3])`。