9%6的结果是3，因此正确答案是D: 3。

分析：

在数学中，百分号（%）通常用于表示取模运算（modulus operation）。取模运算是指两个整数相除后得到的余数。在这个问题中，9%6表示9除以6的余数。

计算步骤如下：
1. 9除以6得到商为1，余数为3。
2. 因此，9%6的结果是3。

所以，正确答案是D: 3。