要将两个3*3的数值型二维数组 `x` 和 `y` 合并到一个新的二维数组中，我们需要选择一个合适的连接方式（即指定正确的 `axis` 参数）。

首先，理解 `np.concatenate` 的 `axis` 参数：
- `axis=0`：沿着第一个轴（行）进行连接，这意味着将数组在垂直方向上堆叠。
- `axis=1`：沿着第二个轴（列）进行连接，这意味着将数组在水平方向上并排。
- `axis=2` 和 `axis=3`：这些轴超出了二维数组的范围，因为3*3的数组只有两个轴。

给定 `x` 和 `y` 都是3*3的二维数组：
- 使用 `axis=0` 会将 `x` 和 `y` 在垂直方向上堆叠，结果是一个6*3的数组。
- 使用 `axis=1` 会将 `x` 和 `y` 在水平方向上并排，结果是一个3*6的数组。

因此，正确的答案是：
C: `np.concatenate([x, y], axis=0)`

这种方式将 `x` 和 `y` 的所有行合并到一个新的二维数组中，而 `axis=1` 也可以视作一种合并方式，但题目要求是将所有一维数组合并到一个新的二维数组中，通常理解为垂直堆叠。