在BeautifulSoup中，删除一个标签的所有内容或标签本身涉及到对标签对象的方法调用。对于这个问题，我们需要删除的是“所有修改过的标签”。

从选项来看：

A: `tag.clean()`
这个方法在BeautifulSoup中并不存在。它不是一个有效的方法。

B: `tag.clear()`
`clear()` 方法用于移除标签的所有子节点，但保留标签本身。它不会删除标签本身。

C: `tag.replace()`
`replace()` 方法用于替换一个标签或字符串，但不是用于删除标签。

D: `tag.remove()`
`remove()` 方法用于将标签本身及其内容从文档树中移除。这是删除标签本身的正确方法。

基于以上分析，正确答案是 D: `tag.remove()`。这个方法会从文档中删除标签及其所有内容，这符合题目中“删除所有修改过的标签”的要求。