正确的选项是 D: Python 变量名允许以下划线开头。

### 专业分析：

- **A: Python 变量名允许以数字开头**
- **错误**：Python 的变量名不能以数字开头，变量名必须以字母（a-z 或 A-Z）或下划线（_）开头，其后可以是字母、数字或下划线的组合。

- **B: true 是 Python 的保留字**
- **错误**：在 Python 中，布尔值的保留字是 `True`（注意大写），而不是 `true`。

- **C: 缩进格式要求程序对齐，增添了编程难度**
- **不完全正确**：Python 确实使用缩进来表示代码块的结构，这对初学者来说可能会增加一些学习的复杂性，但这种强制格式也提高了代码的可读性和一致性。

- **D: Python 变量名允许以下划线开头**
- **正确**：Python 变量名可以以下划线开头，这是合法的命名规则，通常在编程中以单下划线开头的变量名被用于表示“受保护的”变量，而以双下划线开头的变量名则用于表示私有变量。