要判断哪个元组的长度为3，我们需要查看每个选项中的元素数量。

- **A: (1, [2, 3], [4, 5, 6])**
元素包括：整数 `1`，列表 `[2, 3]`，列表 `[4, 5, 6]`。
- 分析：这个元组包含三个元素，因此长度为3。

- **B: ([1, 2, 3])**
元素包括：一个列表 `[1, 2, 3]`。
- 分析：这个元组只有一个元素，因此长度为1。

- **C: ([1, 2], [3])**
元素包括：列表 `[1, 2]`，列表 `[3]`。
- 分析：这个元组包含两个元素，因此长度为2。

- **D: (123)**
元素包括：整数 `123`。
- 分析：这个元组实际上只包含一个元素，因此长度为1。

因此，正确答案是 **A: (1, [2, 3], [4, 5, 6])**，其长度为3。