根据集合的常用方法说明，我们可以逐一分析选项：

1. **A: intersection()方法只能用于两个集合的求交集运算**
- 错误。`intersection()`方法可以用于两个或多个集合的交集运算，并返回一个新的集合对象。

2. **B: intersection_update()可以一次多个集合的交集，并另外返回一个交集的集合对象**
- 错误。`intersection_update()`方法用于将原集合与一个或多个集合的交集更新到原集合中，不返回新的集合对象，只是改变原集合。

3. **C: isdisjoint()方法用于判断一个集合是否是另一个集合的子集**
- 错误。`isdisjoint()`方法用于判断两个集合是否没有交集，即返回 True 时表示两个集合没有共同元素。

4. **D: 使用clear()方法时不需要输入参数**
- 正确。`clear()`方法用于清空集合中的所有元素，而不需要任何参数。

基于以上分析，正确答案是：**D**。