在 R 语言中，`paste()` 函数用于将多个字符串连接在一起。`paste("cda","pinggu.org",sep=".")` 的作用是将字符串 `"cda"` 和 `"pinggu.org"` 连接，并使用 `sep` 参数指定的分隔符 `.` 进行分隔。

### 分析：

- **参数说明**：
- `"cda"`：第一个字符串。
- `"pinggu.org"`：第二个字符串。
- `sep="."`：指定分隔符为 `.`。

- **运行结果**：
- `paste("cda","pinggu.org",sep=".")` 将生成 `"cda.pinggu.org"`。

### 结论：

正确答案是 **D: "cda.pinggu.org"**。

### 示例：

以下是一个简单的代码示例，用于验证上述分析：

```R
result <- paste("cda", "pinggu.org", sep = ".")
print(result)
```

运行这段代码将输出：

```
[1] "cda.pinggu.org"
```

该结果验证了 `paste()` 函数使用 `.` 作为分隔符连接字符串的行为。