正确答案是：D: 选取调查单位的方法不同。

### 专业分析

在统计调查中，抽样调查和重点调查是两种常用的方法，它们的主要区别在于选取调查单位的方法：

1. **抽样调查**：
- **定义**：抽样调查通过从总体中随机选取一部分作为样本进行研究，以推测总体的情况。
- **选取方法**：通常采用随机抽样的方法，确保样本具有代表性。
- **优点**：由于是随机选取，能够有效减少偏差，并提供总体的科学估计。
- **应用**：适用于总体规模大、调查费用高或调查时间有限的情况。

2. **重点调查**：
- **定义**：重点调查选择对研究问题最有影响或最典型的单位进行调查。
- **选取方法**：选择具有典型性、重要性或特殊意义的单位，不是随机选取。
- **优点**：通过对关键单位的深入研究获取重要信息，节省时间和资源。
- **应用**：常用于深入分析某些特定现象或问题。

### 其它选项分析

- **A: 作用不同**：虽然两者在具体应用的背景和目标上可能有所不同，但其基本作用都是为了获取数据和信息，因此此项不构成主要区别。

- **B: 组织方式不同**：组织调查的方式可能在细节上有所不同，但不构成概念上的根本区别。

- **C: 灵活程度不同**：灵活程度涉及具体执行中的细节，与调查方法本身的定义和原则关系不大。

因此，主要区别体现在“选取调查单位的方法不同”。