商业秘密在一个组织内保持秘密状态的与知识产权相关的信息。 题干的领先技术是通过员工与公司签订了保密协议来进行保护，所以属于商业秘密。

在您描述的情况下，公司通过保密协议（NDA）主要试图保护的是C: 商业秘密。以下是专业分析：

A: 商标主要用于保护品牌标识，如公司名称、标志等，通常不需要通过保密协议来保护。

B: 专利是对发明的保护，要求公开技术细节以换取法律保护，因此也不主要依赖保密协议。

C: 商业秘密是指公司不希望公开的机密信息，如技术诀窍、客户名单、商业计划等。保密协议常用于保护这些信息不被泄露。

D: 著作权保护的是原创作品，如软件代码、文档等，通常通过版权法保护，而非主要依赖保密协议。

因此，签订保密协议主要是为了保护公司的商业秘密。