正确答案是 D: `SELECT City FROM Customer GROUP BY City HAVING COUNT(ID)>200`

以下是对各个选项的分析：

A: `SELECT City FROM Customer HAVING COUNT(ID)>200`
- 这个选项是错误的，因为在SQL中使用`HAVING`子句时，必须先使用`GROUP BY`子句进行分组。

B: `SELECT City FROM Customer WHERE COUNT(ID)>200 GROUP BY City`
- 这个选项是错误的，因为`WHERE`子句不能用于聚合函数`COUNT`。聚合函数需要在分组之后使用`HAVING`子句来过滤结果。

C: `SELECT City FROM Customer GROUP BY City WHERE COUNT(ID)>200`
- 这个选项是错误的，因为`WHERE`子句不能用于聚合函数`COUNT`。同样，这种过滤应该在分组之后使用`HAVING`子句。

D: `SELECT City FROM Customer GROUP BY City HAVING COUNT(ID)>200`
- 这个选项是正确的。首先，使用`GROUP BY`子句对`City`进行分组，然后使用`HAVING`子句来过滤那些客户数大于200的城市。

总结：在SQL查询中，`GROUP BY`用于将结果集按一个或多个列进行分组，`HAVING`子句用于过滤分组后的结果，通常用于聚合函数的过滤条件。