C是一非矩阵工具是用来理解似是而非的问题原因；与根因分析的配对比较无关。

正确答案是：C: 理解似是而非的问题原因。

专业分析：
头脑风暴是一种集体讨论和创意生成的方法，而配对比较（Paired Comparison）是一种具体的决策工具，用于在多个选项之间进行优先级排序或选择。以下是对各选项的分析：

A: 对不同的备选问题或者原因进行优先排序的问题
配对比较可以用于对不同的备选问题或原因进行优先排序，通过将每个选项两两对比，确定每个选项的相对重要性或优先级。

B: 二选一的决策问题
配对比较本质上就是在多个选项中进行二选一的决策，通过反复的二选一比较，最终确定最优选项或优先级。

C: 理解似是而非的问题原因
配对比较主要用于排序和选择，而不是用于深入理解问题的原因。因此，配对比较并不适用于理解似是而非的问题原因。

D: 当有多个选项时，使决策直观容易的应用
配对比较可以帮助在多个选项中进行比较，使决策过程更加直观和容易。因此，这也是配对比较的应用之一。

综上所述，C选项“理解似是而非的问题原因”不是配对比较的应用。