在为公司提供如何最好地理解其数据在应用程序中的使用的咨询建议时，以下是每个选项的专业分析：

A: **开发企业数据模型**（Enterprise Data Model）
- 企业数据模型是一个全面的、结构化的数据表示，涵盖整个组织的数据需求和关系。这种方法有助于形成一个全局视角，但可能需要大量时间和资源来开发和维护。

B: **进行数据清单**（Conducting an Inventory of Data）
- 数据清单是对公司所有数据资产的详细记录。这是一个基础步骤，可以帮助公司了解其数据的范围和位置，但它可能不足以全面理解数据在应用程序中的具体使用情况。

C: **开发所有应用程序的CRUD矩阵**（Development of CRUD Matrices for All Applications）
- CRUD矩阵（创建、读取、更新、删除）详细列出了每个应用程序对数据的操作。这种方法非常具体，能够清晰地表示每个应用程序如何处理数据，是理解数据使用的直接和有效的方法。

D: **开发概念模型**（Development of a Conceptual Model）
- 概念模型提供了一个高层次的、抽象的视图，展示了主要的数据实体及其关系。虽然有助于理解数据的整体结构，但它可能不如CRUD矩阵那样具体和直接。

**推荐答案：C: 开发所有应用程序的CRUD矩阵**

**专业分析：**
开发CRUD矩阵能够具体而详细地展示每个应用程序如何与数据交互。这种方法不仅能帮助公司理解数据的使用方式，还能明确每个数据操作（创建、读取、更新、删除）的具体细节。这对于优化数据管理、确保数据一致性和安全性具有重要意义。因此，CRUD矩阵是理解公司数据使用的最佳方法。