元数据缺失、标准不统一

正确答案是 C: 确定数据元素之间的有效链接或等价性。

专业分析：

在整合多个源系统时，确定数据元素之间的有效链接或等价性（选项C）是一个主要的挑战。这是因为不同源系统中的数据可能有不同的格式、定义和语义。例如，一个系统中的“客户”可能在另一个系统中被称为“用户”，并且它们可能有不同的属性和标识符。为了确保数据的一致性和准确性，需要对这些数据元素进行匹配和映射，这通常是一个复杂且耗时的过程。

其他选项的分析：

A: 维护描述数据仓库操作的文档虽然重要，但它不是整合多个源系统时的主要困难。文档的维护更多是一个流程和管理问题，而不是技术难题。

B: 修改源系统以对齐企业数据模型虽然可能会遇到一些挑战，但通常源系统不会轻易修改，因为这可能影响到现有的业务操作。更多的是通过数据转换和映射来实现对齐。

D: 在第一次发布时完成数据架构虽然是一个项目管理的挑战，但它更多是时间和资源管理的问题，而不是整合多个源系统时的技术难题。

因此，选项C是正确答案，因为它直接涉及到如何在不同系统之间建立数据的一致性，这是数据整合过程中最具挑战性的部分。