正确答案是 D: hierarchical（层次结构）。

专业分析：

1. **Facet（方面）**：方面分类法通常用于信息分类，特别是在图书馆学和信息科学中。它允许对象根据多个独立的分类标准进行分类，但它不一定形成树状结构。

2. **Network（网络）**：网络结构是一种更复杂的关系模型，节点之间可以有多种类型的关系，通常不形成树状结构。

3. **Polyhierarchy（多重层次结构）**：多重层次结构允许一个节点有多个父节点，这意味着它可以属于多个不同的层次树状结构。

4. **Hierarchical（层次结构）**：层次结构是一种树状结构，其中每个节点有且只有一个父节点，除了根节点（没有父节点）。这种结构的特点是节点之间的关系是单一且明确的。

综上所述，题目中描述的“taxonomy is a tree structure where nodes are related by a rule”最符合层次结构（hierarchical）的定义。因此，正确答案是 D: hierarchical。