正确答案是：C: Updating the operating system that the Master Data management toolset is running

专业分析：
元数据仓库（metadata repository）主要用于存储和管理有关数据的数据（即元数据），并在数据质量评估、数据问题调查等场景中提供支持。然而，在更新主数据管理工具集运行的操作系统时，元数据仓库并不涉及其中，因为这属于系统基础设施和软件环境的更新，与数据本身及其元数据无关。

具体分析如下：
- A: Undertaking a data quality assessment（进行数据质量评估）：数据质量评估需要参考元数据仓库中的信息，以了解数据结构、数据来源、数据流动等情况，从而对数据质量进行全面评估。
- B: Investigating a data issue（调查数据问题）：在调查数据问题时，元数据仓库提供的数据来源、数据流动、数据依赖关系等信息是关键参考，有助于定位和解决数据问题。
- C: Updating the operating system that the Master Data management toolset is running（更新主数据管理工具集运行的操作系统）：这属于系统维护和更新工作，与元数据仓库无关，因此不需要参考元数据仓库。
- D: None of these（以上都不是）：显然不正确，因为选项C确实不需要参考元数据仓库。

因此，正确答案是C。