正确答案是 B: 不同的数据元素名称和格式。

分析：

数据血缘（Data Lineage）是指数据从源头到最终目的地的流动路径及其变更过程。记录数据血缘的复杂性主要来源于以下几个方面：

1. **不同的数据元素名称和格式**：在不同的系统和数据库中，同一个数据元素可能会有不同的名称和格式。这会导致在追踪数据流动时难以匹配和关联这些数据元素。比如，在一个系统中“客户ID”可能被称为“CustomerID”，而在另一个系统中可能叫做“CustID”。这种不一致性增加了记录和管理数据血缘的复杂性。

2. **选择内容管理软件**：虽然选择合适的内容管理软件很重要，但这主要是一个技术选择问题，不是数据血缘记录中的主要复杂性来源。

3. **建立数据质量指标**：数据质量指标的建立是数据管理的重要部分，但它主要涉及数据的准确性、一致性和完整性，而不是直接影响数据血缘的记录。

4. **数据所有者的冲突应用需求**：虽然不同数据所有者可能对数据有不同的需求，但这更多是数据治理和管理的问题，而不是数据血缘记录的核心复杂性。

综上所述，记录数据血缘的主要复杂性在于处理不同系统中不一致的数据元素名称和格式，因此正确答案是B。