正确答案是：C: at the meta-data level; at the data level

分析：
在软件工具的集成过程中，元数据和数据是两个不同的层次。元数据是关于数据的数据，它描述了数据的结构、定义和属性，而数据是实际的内容。为了实现软件工具的有效集成，必须首先在元数据层面进行集成，以确保所有工具对数据的理解一致。接下来，在数据层面进行集成，以确保实际数据的交换和使用是无缝的。因此，选项C是最合适的答案。