决策变量是两种货物托运箱数，取值为自然数，不能为实数集。

正确答案是：D。

专业分析：

在建立线性规划模型时，通常需要确定以下几个方面：

1. **决策变量**：
- 设 \( x_1 \) 和 \( x_2 \) 分别表示A货物和B货物的托运箱数。

2. **目标函数**：
- 目标是最大化利润，利润函数为 \( 2000x_1 + 1000x_2 \)。

3. **约束条件**：
- 体积约束：\( 2x_1 + x_2 \leq 40 \)
- 重量约束：\( 50x_1 + 50x_2 \leq 1200 \)
- 非负约束：\( x_1 \geq 0 \) 和 \( x_2 \geq 0 \)
- 整数约束：由于箱数必须是整数，所以 \( x_1 \) 和 \( x_2 \) 必须是非负整数，即 \( x_1, x_2 \in \mathbb{N} \)。

因此，选项D中提到的约束条件 \( x_1, x_2 \in \mathbb{R} \) 是错误的，因为箱数必须是整数，不能是实数。正确的约束条件应该是 \( x_1, x_2 \in \mathbb{N} \)。