C是一非矩阵工具是用来理解似是而非的问题原因；与根因分析的配对比较无关。

正确答案是 C: 理解似是而非的问题原因。

专业分析：
配对比较是一种决策分析工具，主要用于在多个选项中进行比较和优先排序。它的常见应用包括：

A: 对不同的备选问题或者原因进行优先排序的问题：配对比较可以帮助我们将多个备选问题或原因进行优先级排序，从而确定哪个问题或原因更为重要。

B: 二选一的决策问题：配对比较可以用于二选一的决策，通过逐对比较来选择最优的选项。

D: 当有多个选项时，使决策直观容易的应用：配对比较通过逐对比较，使得面对多个选项时的决策过程更加直观和容易。

然而，C: 理解似是而非的问题原因，并不是配对比较的主要应用。配对比较主要用于对比和优先排序，而不是用于理解复杂问题的原因。因此，C选项不属于配对比较的应用。