【解析】 题干中强调的是不同部门对同一指标的计算方法和数据来源定义不同，导致数据横向不一致，这明显属于指标定义问题。分类混乱是指指标分类不清晰；格式不一致主要涉及指标格式不统一；分析难度属于指标数据分析过程面临的问题。所以 B、C 、D选项均不符合题意。