由题干中的两点信息：”关键功能与客户的原始技术规定存在偏差”和”协商之后，最终决定还是保留当前设计”可知项目目前的设计是与原始设计不相符，是有变化的，有变化就要提变更，遵循变更管理流程。

在这个情境中，项目经理发现可交付成果的一个关键功能与客户的原始技术规定存在偏差，但是满足质量和法律要求。经过协商，团队决定保留当前设计。项目经理的下一步行动应该考虑如何正式记录和处理这个偏差，以确保项目的透明性和后续管理。

选项分析：
A: 遵循风险响应矩阵 - 这个选项主要用于处理项目风险。虽然偏差可能引入某些风险，但此时更重要的是处理变更，而不是风险响应。

B: 变更质量计划 - 质量计划是关于如何确保项目和产品的质量标准被满足。当前问题是关于设计偏差，而不是质量计划的变更。

C: 更新范围管理计划 - 范围管理计划涉及到如何定义、验证和控制项目范围。虽然偏差涉及到范围问题，但在这个情境中，最合适的行动是处理变更，而不是直接更新范围管理计划。

D: 遵循变更管理程序 - 这是最合适的选项。变更管理程序用于正式记录和处理项目中的任何变更。即使团队决定保留当前设计，这个决定也应该通过正式的变更管理程序进行记录和批准，以确保所有相关方都了解并同意该偏差。

因此，正确答案是D: 遵循变更管理程序。通过变更管理程序，项目经理可以确保所有的变更决定都被正式记录，并且所有相关方都对当前设计的偏差和决定保持一致。