当影响到项目成本和进度的变更批准后，需要对项目基准更新，而项目基准包括：范围基准、进度基准和成本基准。题干描述已完成变更流程的第三步提交CCB批复，那么接下来应该是A选项的变更流程的第四步：更新。

在这种情况下，项目经理应该选择A: 变更基准。

专业分析：

1. **变更基准**：基准是项目管理中用于衡量项目绩效的标准，包括范围基准、时间基准和成本基准。当变更请求被批准，并且该变更影响到项目的成本和进度时，项目经理需要更新项目的基准，以确保项目的实际绩效能够与新的基准进行比较。这是为了确保项目的进展可以按照新的计划进行，并且可以正确地进行绩效评估。

2. **变更工作分解结构**：工作分解结构（WBS）是项目范围的分层分解，通常在项目范围发生重大变化时才需要更新。在这个问题中，虽然变更影响到成本和进度，但并没有提到范围的变化，因此不需要立即变更WBS。

3. **提交变更**：变更请求已经被批准，因此不需要再次提交变更。

4. **变更资源计划**：资源计划可能需要更新以反映新的进度和成本计划，但这通常是在变更基准之后进行的操作。首先需要确保基准的更新，以便后续的资源计划调整能够与新的基准保持一致。

因此，项目经理在批准变更后，首先应该更新项目的基准，以反映新的成本和进度计划。