题干描述的是现在有流程有日志文件，但团队没有按照流程执行，并不是说流程上有什么问题，因此D排除。正确答案为C，对于变更无论大小，先予以记录，并按照流程进行评估审批。

正确答案是：D: 与员工和客户审查变更控制流程。

专业分析：

1. **变更管理的重要性**：变更管理是项目管理中的一个关键部分，确保所有变更都被记录、评估和批准是为了避免对项目范围、时间、成本和质量产生负面影响。

2. **选项分析**：
- A: 直接向客户提供额外工作的账单可能会导致客户不满，尤其是在这些变更未经批准的情况下。这种做法忽视了变更管理流程的必要性。
- B: 告知客户进度变化并要求更多资源，虽然是沟通的一部分，但仍然没有解决变更未经批准的问题，且可能会引发客户对管理能力的质疑。
- C: 在变更日志中记录变更并审查潜在影响是必要的步骤，但并不足以解决根本问题，因为它没有处理变更未经批准的原因。
- D: 与员工和客户审查变更控制流程是最全面的解决方案。通过这种方式，项目经理可以确保所有相关方理解并遵循变更管理流程，从而防止类似问题的再次发生。

3. **预防措施**：通过审查和改进变更控制流程，项目经理可以建立一个更严格的变更管理体系，确保所有变更都经过适当的评估和批准，减少项目风险。

总之，选项D不仅解决了当前的问题，还为未来的项目管理奠定了更好的基础。