PMBOK第六版P200：“类比估算是一种使用相似活动或项目的历史数据，来估算当前活动或项目的持续时间或成本的技术”，根据PPT的总结，他是一种整体估算，也是自上而下的估算，也是一种专家判断。

在进行新项目的估算时，选择合适的估算方法取决于项目的具体情况和项目经理的经验。对于一个项目经理已经有过类似项目经验的新项目，最合适的估算方法是自上而下估算（选项D）。以下是各个选项的分析：

A: 自下而上估算 - 这种方法涉及对项目的每一个小的工作包进行详细估算，然后将这些估算汇总成整个项目的估算。这种方法比较耗时且需要对项目细节有深入了解，适用于项目细节明确且复杂度高的情况下。

B: 三点估算 - 这种方法通过考虑乐观、悲观和最可能的估算值来计算项目的预期估算值。三点估算适用于不确定性较高的项目，但在项目经理有类似项目经验的情况下，可能不如自上而下估算直接。

C: SWOT分析 - 这是一种战略规划工具，用于分析项目的优势、劣势、机会和威胁，不是估算项目时间或成本的工具，因此不适用于估算。

D: 自上而下估算 - 这种方法基于对类似项目的经验进行估算，适用于项目经理有类似项目经验的情况。这种方法能够快速提供整体估算，并在项目经理有相关经验时通常是有效的。

综上所述，项目经理在有类似项目经验的情况下，使用自上而下估算（选项D）是较为合适的选择，因为它能够有效利用过去的项目经验进行快速和合理的估算。