书PMBOK第六版P246：成本估算包括对完成项目工作可能需要的成本、应对已识别风险的应急储备，以及应对计划外工作的管理储备的量化估算。成本估算应覆盖项目所使用的全部资源。如果间接成本也包含在项目估算中，则可在活动层次或更高层次上计列间接成本。

正确答案是：D: 以上都是。

专业分析：

1. **项目所使用的全部资源的成本**：在成本估算过程中，项目经理需要考虑项目所需的所有资源的成本。这包括人力资源、材料、设备、技术和其他可能需要的资源。准确估算这些资源的成本是确保项目预算合理和可行的基础。

2. **直接成本和间接成本**：
- **直接成本**是指可以直接归属于特定项目活动的成本，例如用于项目的材料和工时。
- **间接成本**是那些不能直接归属于特定项目活动的成本，而是分摊到多个项目或活动中，例如管理费用和办公场所的租金。

3. **应急储备**：这是为应对已知风险而预留的资金或时间储备。应急储备是成本估算中的重要组成部分，因为它帮助项目团队更好地管理不确定性和风险。

综上所述，成本估算过程应全面考虑以上所有因素，以确保项目预算的准确性和可靠性。因此，选项D是正确答案。