出现了进度偏差和成本偏差，表明进度控制和成本控制都没有做好，而项目中监控工作的最终负责人就是项目经理，所以选A。

在项目管理中，PV（计划值）、EV（挣值）和 AC（实际成本）是用来衡量项目绩效的关键指标。在这种情况下：

- PV = 6000，表示计划完成的工作价值。
- EV = 4000，表示实际完成的工作价值。
- AC = 9000，表示实际花费的成本。

从这些数据可以看出，项目进度落后（因为EV < PV），而且成本超支（因为AC > EV）。

在这种情况下，责任通常在于项目经理（选项A）。以下是专业分析：

1. **项目经理的职责**：项目经理负责项目的整体执行，包括时间、成本和质量的管理。项目经理应该监控项目进度和成本，并采取必要的纠正措施。当进度延迟且成本超支时，项目经理需要分析原因并进行调整。

2. **项目经理的控制**：项目经理有责任确保项目按计划进行，并在偏差出现时进行调整。这包括与团队沟通、调整资源、优化计划等。

3. **项目经理的决策**：项目经理应根据项目的实际情况做出决策，确保项目能够按时、在预算内完成。

虽然高级经理、职能经理和PMO可能在某些情况下对项目的成功有影响，但在项目执行层面，项目经理是直接责任人。因此，出现这种情况应该由项目经理来负责。