决策变量是两种货物托运箱数，取值为自然数，不能为实数集。

根据问题描述和表格信息，我们需要建立一个线性规划模型来求解两种货物各运多少箱可获得最大利润。以下是对各选项的分析：

A: 第一步是确定决策变量：设 \( x_1 \)、\( x_2 \) 分别为两种货物的托运箱数。
这个说法是正确的，确定决策变量是建立线性规划模型的第一步。

B: 这里的目标函数是求解 \( 2000x_1 + 1000x_2 \) 的最大值。
这个说法也正确，目标函数是利润函数，应该求解利润的最大值。

C: 关于 \( x_1 \) 和 \( x_2 \) 的约束条件是：\( x_1 \)、\( x_2 \geq 0 \)，且 \( x_1 \)、\( x_2 \in \mathbb{N} \)。
这个说法是错误的。虽然 \( x_1 \) 和 \( x_2 \) 必须是非负整数，但在一般线性规划问题中，我们通常假设决策变量可以是实数（即 \( x_1 \)、\( x_2 \in \mathbb{R} \)），然后在实际应用中再考虑整数约束。

D: 关于 \( x_1 \) 和 \( x_2 \) 的约束条件是：\( x_1 \)、\( x_2 \geq 0 \)，且 \( x_1 \)、\( x_2 \in \mathbb{R} \)。
这个说法是正确的。在标准线性规划问题中，决策变量通常是实数。

综上所述，选项 C 是错误的。

正确答案是：C