要计算电池平均使用时长的90%置信区间，我们可以使用以下公式：

\[ \text{置信区间} = \bar{x} \pm z_{\alpha/2} \left( \frac{\sigma}{\sqrt{n}} \right) \]

其中：
- \(\bar{x}\) 是样本均值
- \(z_{\alpha/2}\) 是标准正态分布的临界值
- \(\sigma\) 是样本标准差
- \(n\) 是样本量

已知：
- 样本均值 \(\bar{x} = 50\) 小时
- 样本标准差 \(\sigma = 6\) 小时
- 样本量 \(n = 36\)
- \(z_{0.05} = 1.65\)（因为90%的置信区间对应的临界值是1.65）

首先计算标准误差：

\[ \text{标准误差} = \frac{\sigma}{\sqrt{n}} = \frac{6}{\sqrt{36}} = \frac{6}{6} = 1 \]

然后计算置信区间的上下限：

\[ \text{置信区间} = 50 \pm 1.65 \times 1 \]
\[ \text{置信区间} = 50 \pm 1.65 \]
\[ \text{置信区间} = (50 - 1.65, 50 + 1.65) \]
\[ \text{置信区间} = (48.35, 51.65) \]

因此，该电池平均使用时长的90%置信区间为（48.35，51.65）。

正确答案是：C:（48.35，51.65）